El Congreso de Jalisco votó en contra de reincorporar las disposiciones sobre las infancias trans a la Ley del Registro Civil, pese a una sentencia de la Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) que así lo ordenaba. Con solo ocho votos a favor, 27 en contra, una abstención y un voto nulo, la propuesta fue desechada, impidiendo que menores de edad puedan modificar su acta de nacimiento conforme a su identidad de género.

El tema fue eliminado en abril de 2022, cuando el Congreso aprobó una reforma al Código Civil que estableció que solo personas mayores de edad podrían solicitar el cambio de género en su acta de nacimiento. Este cambio fue criticado por organizaciones defensoras de los derechos humanos, incluyendo la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH), al considerar que vulneraba los derechos de menores trans que habían sido reconocidos en 2020. Ante esto, se presentó una acción de inconstitucionalidad.

El 15 de junio de 2023, la SCJN resolvió por unanimidad que la reforma era inconstitucional, ordenando al Congreso restablecer los derechos de las infancias trans en la ley. La propuesta rechazada por los legisladores establecía que menores de edad podrían realizar el trámite con el consentimiento de quien ejerza la patria potestad o de la Procuraduría de Protección de las Niñas, Niños y Adolescentes en caso de que los padres no otorgaran su consentimiento.